从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
故事发生在一个名为“弗洛尼尔德”的架空世界之中，迦雷特狮子团的公主蕾昂米修莉（小清水亚美 配音）带领着她的精锐部队大举入侵邻国比斯科迪共和国，身为共和国的公主，米希奥蕾（堀江由衣 配音）深深的为祖国的未来担忧着，无奈之下，她决心向异世界发出求救的信号，希望那里有人能够成为国家的救星。泉真红（宫野真守 配音）只是一介平凡的日本少年，然而，正是他受到了米希奥蕾的召唤，来到了弗洛尼尔德，在这里，他结识了个性认真的艾克蕾尔（竹达彩奈 配音）、聪慧过人的利歌塔（水树奈奈 配音）和成熟稳重的尤基卡泽（阿澄佳奈 配音）等人，在和蕾昂米修莉的战斗中，泉真红和伙伴们的羁绊也在加深着。
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现在，再一次去往广大的蓝天——。憧憬天空、以星之岛为目标的少年，与从天而降、不可思议的蓝发少女，两人成为了命运与生命的共同体。向天空出发的少年与少女，与值得信赖的同伴和前往目的地的骑空艇相逢。经由躲避帝国的追击，以及与星晶兽的邂逅，两人加深了牵绊并逐渐成长。但前往星之岛的路程还只过了一半。少年与少女和同伴一起，向着接下来的旅程进发。
凡多姆海恩家族的宅邸内百花齐放，黑执事塞巴斯蒂安•米卡利斯（小野大辅 配音）进退有节，优雅矜持地招待来访的客人。而庄园的主人夏尔（坂本真绫 配音）则在田中（藤村俊二 配音）、梅琳（加藤英美里 配音）、菲尼（梶裕贵 配音）等仆从的环绕下度过平凡舒适的每一天。这一日，夏尔收到了维多利亚女王的来信。信中称名叫诺亚方舟的马戏团即将巡回来到他们所在的城市，而该马戏团所到之处必然会发生儿童失踪事件。作为“女王的看门狗”，夏尔责无旁贷担负起调查的重任。几经周折，夏尔和塞巴斯蒂安成功混入马戏团，他们在这里见到了各种各样生活在底层的可怜人，同时也发现了寻常难以察觉的可怕黑幕……
